Estamos en 1964, en la iglesia de San Nicolás, en el Bronx. El padre Flynn (Philip Seymour Hoffman), un brillante y carismático sacerdote, intenta desafíar las estrictas reglas que la hermana Aloysius Beauvier (Meryl Streep) lleva custodiando desde hace años con mano de hierro. Ella es la directora del colegio y cree ciegamente en el poder del miedo y la disciplina. Los cambios políticos están llegando a todos los estratos de la sociedad y la escuela acaba de aceptar a Donald Miller, su primer estudiante negro. Pero la hermana James (Amy Adams) hace saber a la hermana Aloysius que el padre Flynn está prestando una atención demasiado especial al muchacho. La hermana Aloysius se siente obligada a emprender una cruzada para averiguar la verdad y para expulsar a Flynn del colegio. A pesar de carecer de una sola prueba que confirme la sospecha, la hermana Aloysius se ve abocada a una lucha de poder con el padre Flynn.